R環境の構築メモ(2019/09)
R環境を作る時によく忘れるのでメモ
メモを作成したOS環境は、GCEのUbuntu 18.04 LTS Minimal。
Rprofile
メッセージを英語にするため、~/.Rprofileに「Sys.setenv(LANGUAGE = "en")」を記載。r4dsの1.6 Getting help and learning moreを参考。
https://r4ds.had.co.nz/introduction.html
RStudioのServer
Webブラウザ経由での操作が可能になる。
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
Rのライブラリ
- tidyverse
- lubridate
- caret
- doParallel
- randomForest
- broom
- forecast
- gridExtra
- jsonlite
- knitr
- scales
- sweep
- timetk
- vars
- ggthemes
- ggmosaic
- fastDummies
- lightgbm
- tictoc
- MLmetrics
- moments
- rattle
- rsample
- keras
- glmnet
tidyverseの時には、OSソフトのインストールが必要になる。
sudo apt install libssl-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev
lightgbmはR3.6.1だとinstall.packagesで入れられなかった。
https://github.com/microsoft/LightGBM/tree/master/R-package
より、コマンドラインでインストール
sudo apt install cmake
git clone --recursive https://github.com/microsoft/LightGBM
cd LightGBM
Rscript build_r.R
Rmarkdown
renderコマンドで生成する場合はpandocが必要.
sudo apt install pandoc