R環境の構築メモ(2019/09)

R環境を作る時によく忘れるのでメモ

メモを作成したOS環境は、GCEのUbuntu 18.04 LTS Minimal。

Rprofile

メッセージを英語にするため、~/.Rprofileに「Sys.setenv(LANGUAGE = "en")」を記載。r4dsの1.6 Getting help and learning moreを参考。

https://r4ds.had.co.nz/introduction.html 

RStudioのServer

Webブラウザ経由での操作が可能になる。

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

Rのライブラリ

  • tidyverse
  • lubridate
  • caret
  • doParallel
  • randomForest
  • broom
  • forecast
  • gridExtra
  • jsonlite
  • knitr
  • scales
  • sweep
  • timetk
  • vars
  • ggthemes
  • ggmosaic
  • fastDummies
  • lightgbm
  • tictoc
  • MLmetrics
  • moments
  • rattle
  • rsample
  • keras
  • glmnet

tidyverseの時には、OSソフトのインストールが必要になる。

sudo apt install libssl-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev

lightgbmはR3.6.1だとinstall.packagesで入れられなかった。

https://github.com/microsoft/LightGBM/tree/master/R-package

より、コマンドラインでインストール

sudo apt install cmake

git clone --recursive https://github.com/microsoft/LightGBM

cd LightGBM

Rscript build_r.R

 Rmarkdown

renderコマンドで生成する場合はpandocが必要.

sudo apt install pandoc

 

Arch, MSYS2のパッケージ管理

パッケージのアップデート(pacman -Syu)はたまにやるが、パッケージの削除は忘れがち。

パッケージキャッシュの削除

pacman はダウンロードしたパッケージを /var/cache/pacman/pkg/ に保存し、古いバージョンやアンインストールされたパッケージを自動では削除しません。従ってこのフォルダのサイズをあまりにも大きくしすぎないために定期的・計画的にこのフォルダを掃除する必要があります。

現在インストールされていないパッケージキャッシュを全て削除するオプションは:

# pacman -Sc

今後の勉強ネタ（データ解析&AI）

知り合いの学生さんに教えて貰った、データ解析やAI関連の勉強ネタ。

Web

書籍

Emacs, ESS, Rの文字コードについて

Emacs, ESS, Rで利用している場合に、stringrなどで文字列処理ができなくて悩んだ。

error: invalid multibyte character in parser at line 1

 init.elの設定が誤っていた。

(prefer-coding-system 'utf-8)　→　(prefer-coding-system 'cp932)

prefer-coding-systemはデフォルトの文字コードを設定する場合に使います。

EmacsでRmarkdownを使う

Rmarkdownを利用するとhtml形式でレポートが作成できて、グループで共有するのに便利なので導入したいと思います。

EmacsのESSから離れたくないので、Emacs上で使えないかを探しました。

以下を参考に、polymodeを導入すると実現できました。

Emacs で knitr と R markdown を使う方法 (Rmd) | Futurismo

 

インストール

M-xpackage-installpolymode

init.elの設定

(require 'poly-R)
(require 'poly-markdown)

 

Rmdファイルからhtmlを作成する。

library(rmarkdonw)
setwd("dir-of-sample") # 必要に応じて、作業フォルダを変更します
getwd() #作業フォルダの確認
render("xxxx.Rmd") # 変換